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La plus ancienne mention connue remonte en 968 ou l'on trouve marcilliaco villa sur le cartulaire d'Ainay.

Les différents noms retrouvés sont Marcilliacum, le domaine de Marcellus, puis au XIIIe siècle Marcilleu, en 1438 Marcilliaco d'Asergues, et enfin en 1573 Marcilly d'Azargues.

L'histoire de MARCILLY est marquée par 2 grandes seigneuries, avant 1718, les abbés d'Ainay et de 1718 à la révolution les Riverieulx de Varax.

L'origine de MARCILLY parait très ancienne, une nécropole remontant à l'époque burgonde et mérovingienne a été découverte récemment (1979).

La même année des sarcophages en pierre gallo-romaine de réemploi ont été exhumés.

Le développement de MARCILLY s'est faite dans le bourg au centre nord-ouest de la commune et 4 hameaux, la Bernadière, Bramefond, la Ferrandière, Montessuy.

La culture de la vigne était l'activité principale jusqu'au début des années 1900 ou la culture fruitière s'est développée.